医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，2017年12月成为中国科学技术大学直属附属医院。现已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。在最新一轮（2021年度）全国三级公立医院绩效考核排名第21位，等级A+；连续五年进入“复旦版中国医院排行榜”全国百强，5个学科进入全国榜单，23个学科进入华东榜单。在2022年自然指数（Nature Index）年度榜单中，位列全球医疗机构第45位，中国医疗机构第7位。在中国医学科学院发布的2022年度中国医院科技量值（STEM）评价结果中，综合排名位列67位，共有6个学科进入全国学科榜单TOP30，11个学科进入TOP50，27个学科进入TOP100，13个学科位列安徽省首位。

医院以打造国家级高水平医院为目标，以创建国家区域医疗中心为引领，实行“集团化、一体化和差异化”发展战略，形成“一院多区”的良好发展格局。现有总院（院本部）、南区（安徽省脑科医院、安徽省心血管病医院）、西区（安徽省肿瘤医院）、感染病院区（合肥市传染病医院），试运行北区（国家创伤区域医疗中心），着力打造国家紧急医学救援基地，开工建设以老年医学和保健服务为重点的滨湖院区。医院总占地面积（含规划面积）约785亩，总建成面积90.6万平方米，总在建面积（不含规划建筑面积）65万平方米。目前，共开放床位5750张，设有47个临床医技学科。拥有国家临床重点专科建设项目9个，省临床重点专科25个。近年，门急诊量560余万人次/年，出院患者30余万人次/年，开展手术17余万台次/年，平均住院日6.41天。

医疗技术力量颇为雄厚。四级手术总量居全国第8位，CMI值（医疗技术难度）居全国第24位。是国家“示范高级卒中中心”“中国胸痛中心”和安徽省首家“泛血管疾病管理中心”。入选国家疑难病症诊治能力提升工程项目2项（脑血管和肿瘤方向）。是全国仅有的5家获得质子放射治疗系统准予许可单位之一。在被誉为“医学之巅”的器官移植领域，具备全国为数不多、省内唯一的全器官（组织）移植资质，亲属间活体肾脏移植例数保持全国前三，肝移植技术全国领先，肺移植例数稳居全国前十。脐带血干细胞移植技术进入国际先进行列，是全球脐血移植病例数最多的移植单中心。独创的侧卧位下直接前方入路髋关节置换技术驰名国内外，在“一带一路”多国推广应用。精准肝切除术、腹腔镜肝胆手术、脑深部刺激术、股骨近端重建、心脏再同步化治疗（CRT）技术、糖尿病领域治疗等一大批关键性、代表性技术全国领先。